現如今寵物小精靈以其獨特的世界觀設定已經成為一種世界範圍內的現象，那麼就讓我們來看看屬於這個世界觀下的十大未解之謎吧。
1.創世之謎
按照官方設定，夢夢擁有所有寵物小精靈的基因，是唯一一隻可以學會所有技能學習器、秘傳技學習器與各個世代的技能教學的寵物小精靈，是所有寵物小精靈的祖先。
而編號493的阿爾宙斯，又被稱為創世神，擁有目前遊戲中最高的種族值，除此之外還擁有所有屬性的變化能力。在寵物小精靈的神話中提到，混沌中產生了最初的生命，最初的東西製造了兩個分身，於是時間開始流逝空間開始延伸，然後從自身生出三個生命，兩個分身祈禱，於是生出了所謂的物質，三個生命祈禱，於是生出了所謂的心，創造完世界之後，最初的東西便沉沉睡去。這其中，兩個分身是指時間神迪亞魯加和空間神帕魯奇亞，三個生命是指智慧之神由克希，感情之神艾姆利多，意志之神亞克諾姆。而最初的生命毫無疑問就是創世神阿爾宙斯。
根據2010年任天堂官方出版的白金圖鑑中提到「阿爾宙斯被認為是第一隻寵物小精靈」;但同時又表示「夢夢被認為是寵物小精靈的始祖」。就此就產生了夢夢和阿爾宙斯「誰先誰後」的矛盾，從年代來看，不管是遊戲還是動漫中，夢夢要比阿爾宙斯登場時間早很多。假使我們以「夢夢被認為是寵物小精靈的始祖」作為根據來推論，那麼阿爾宙斯顯然是夢夢的後代，這就和「阿爾宙斯被認為是第一隻寵物小精靈」相悖。反之，以「阿爾宙斯被認為是第一隻寵物小精靈」來推論，那麼這第一隻寵物小精靈創造了世界和其他寵物小精靈，這又和被認定為所有寵物小精靈始祖的夢夢相悖。哎，到底夢夢和阿爾宙斯誰創造了誰，官方至今都沒有給出明確的解釋。
2.精靈球的黑科技之謎
精靈球，寵物小精靈相關遊戲、動畫、漫畫等相關產品中，重要道具之一，種類很多(將近30種)，但功能相似，都是用來捕捉寵物小精靈使其成為己方夥伴的。好吧，我們不是來討論這個放大縮小的儲存道具的功能，而是討論他的儲存原理。
從表面上來看，寵物小精靈們被縮小成一道紅光然後被吸收進精靈球裡面(精靈球的構造也是未解之謎，內部環境是一個狹小的空間還是寬敞的空地呢?)。如果深究一下從現代科技來看，那麼精靈球的黑科技屬性簡直逆天，包含空間壓縮技術，生命傳送技術，生命復原技術這三大按照我們世界當下科技水平百餘年內絕對無法達到的高度。與之類似的還有被機器傳送的寵物小精靈，他們可以被傳送進電腦裡面儲存，然後再被其他地方的機器下載。好吧，請告訴我為什麼活著的寵物小精靈可以被傳送?傳送以後又是怎麼樣被還原成寵物小精靈的?
難道說寵物小精靈不是以生命體的形式而是電子數據的形式存在?如果在電腦裡面刪除數據，他們會死嗎?
3.食物之謎
在寵物小精靈的世界中，如果我沒有記錯的話，是從來沒有出現過我們現實世界中的正常生物的。按照設定，這個世界中的除了部分植物之外，剩下的生命體都是以寵物小精靈形式存在。平日他們的食物也是以果子蔬菜雜糧製品為主，但是寵物小精靈世界裡的人都是素食主義者?nonono，動畫中可不止一次出現過各種肉類食物，那麼這些食物從何而來?難道是大蔥鴨，鯉魚王，肯泰羅?哦不，太可怕了，任天堂不是說不會出現殺害寵物小精靈的設定嗎?那麼這些肉類從何而來，莫非是人工合成?
4.戰爭隱喻之謎
在寵物小精靈的遊戲和動漫中，基本以小孩和女性為主，成年男性很少。而火箭隊三幹部之一的馬志士身穿美國軍服，也曾經提過自己參加過一場大規模的戰爭。那麼結合來看，這個世界很可能是因一場超大規模戰爭而死去很多成年男性的戰後世界。當然這個只是對遊戲和動畫中的一些猜想，那麼下面關於三神柱的事情可謂是寵物小精靈系列遊戲中最隱晦的，被任天堂公司所承認的為數不多的有關戰爭的黑歷史。
三神柱所在的芳緣地圖，實際上是從日本的九州島演化而來。雷吉洛克在111號道路，即九州的大分，雷吉艾斯在105號海島，即九州長崎，雷吉斯奇魯則是在120號道路，即九州宮崎。下面是科普時間，長崎就不用解釋了，核爆所在地。宮崎和大分則是太平洋戰爭空襲所在地。三神柱所在的地方使用的是盲文，同時身形也是暗示了因為戰爭而變成殘疾的人們。而三神柱在LV.89時，可以學會破壞死光。
1945年8月9日美國對日本的長崎市實施了第二次核打擊，共造成7萬人死亡，6萬餘人受傷。爆炸之後，許多爆炸倖存者飽受輻射後遺症的折磨，包括癌症、白血病和皮膚灼傷。此次核爆炸為二次大戰畫上休止符。
5.紫苑鎮怪談之謎
紫苑鎮是寵物小精靈世界中著名的鬼鎮，鎮上的塔是集中安葬故去的寵物小精靈的場所。鎮民大多是在寵物小精靈塔周圍長大，相信靈魂的存在並有很深的宗教信仰，常去塔中祭拜，祈禱寵物小精靈們平安幸福。同時有傳言塔中有死去或被殺害寵物小精靈的靈魂作祟。
關於紫苑鎮有一個著名的怪談事件，1996年2月27日，在日本地區寵物小精靈紅/綠髮售後數日，突然有10-15歲年齡組群的兒童相繼大量死亡。經過調查原因是因為再戴上耳機玩到遊戲中紫苑鎮地區後自殺，事實上，紫苑鎮地區的BGM確實有些詭異，但絕不會因此導致玩家自殺。不過經此時間過後，市面上傳出了無數有關寵物小精靈遊戲的恐怖怪談和殺人事件，這其中大部分都被描述的煞有介事，不過經過多方證實，這其中很多都是通過修改程序，或者乾脆無中生有的。這裡礙於篇幅所限不多做介紹，有興趣的話可以百度一下。
6.小智父親之謎
小智作為寵物小精靈動畫的絕對主角，想必大家一定不會陌生，不過大家都知道小智的媽媽叫花子，而動畫中小智從來沒有提起過自己的父親，那麼小智的爸爸是誰就成了寵物小精靈中最大的未解之謎......有人說是坂木老人(目前坂木老人的希望最大)，有人說是大木博士(小智成了小茂的叔叔)，還有喪心病狂的人說是小智媽媽身邊的那個吸盤魔偶......
7.真·神獸之謎
寵物小精靈中的神獸有很多，形態體型性格各異，實力和能力十分強大。但是所有這些神獸雖然都具備心靈感應能力與人類溝通，但是都沒有正常的語言能力。在所有的寵物小精靈中，只有兩個可以以人類的語言說話，一個是劇場版登場過的河馬王(有說法是人類偽裝)，另外一隻就是火箭隊三人組的真·神獸——喵喵。喵喵和(宮本)武藏、(佐佐木)小次郎一起，天天為了靠抓到比卡超博得坂木的歡心為奮鬥目標，雖然處於小智一行人的對立面，但實際上和(宮本)武藏、(佐佐木)小次郎都算不上什麼壞人。在劇場版中還多次協助過小智等人的行動。
但就是這麼逗比的角色卻是整個寵物小精靈世界中唯二(很可能是唯一)一隻會說人類語言的寵物小精靈，有人說這是為了火箭隊兩人一貓交流方便，但是要知道和小智一行人互動更多的皮神都沒有語言能力。
註：音符鸚鵡會講人話是一種學舌模仿能力，其本身不具備語言能力。
8.超夢性別之謎
好吧，雖然夢夢沒有性別差異，利用夢夢睫毛中提取出的的DNA被製造出來的超夢同樣也沒有性別能力。但是在第一部劇場版《超夢的逆襲》中，超夢的聲優為男性，而到了2013劇場版《神速的蓋諾塞克特：超夢覺醒》中，聲優又變成了女性，而且小智和超夢一人一妖怪就像得了健忘症一樣，誰都不認識誰......
9.寵物小精靈被攻擊不死之謎
在寵物小精靈世界中，寵物小精靈的屬性多種多樣，有普通、火、水、草、電、冰、蟲、飛行、地面、岩石、格鬥、超能、幽靈、毒、惡、鋼、龍、妖精等18種，對應的能力也是各種各樣。這些技能有強有弱，但是不管強弱，這些看上去有天崩地裂排山倒海之勢的技能打在寵物小精靈身上除了會受傷之外愣是沒什麼大礙。拍擊，低空踢，投擲什麼的就不說了，聽名字就死不了。但是像什麼十萬伏特，百萬噸巨拳，破壞死光這些聽上去就屌的不行的招式打在寵物小精靈身上沒什麼事就有些讓人想不透了......
10.小智年齡之謎
從1996年第一部寵物小精靈的動畫開始到現在經過將近20年的發展，主人公小智的年齡居然還是10歲，這種永葆青春的能力或許才是寵物小精靈世界中最大的未解之謎吧。
